阿富汗和巴基斯坦是接壤的邻邦，边界线长达公里。阿富汗主体民族普什图族是跨境民族，它是巴基斯坦的四大民族之一。普什图人总人数约万。由于阿难民的长期滞留巴基斯坦不归，巴境内的普什图人（巴也称之为帕坦人）已超过阿富汗境内的普什图人了。两国又都是伊斯兰国家，绝大部分穆斯林为逊尼派。
普什图人的分布两国地缘相邻、血缘相近、宗教相同，人员来往密切，不少边界地区形同虚设，本应成为兄弟之邦。然而由于种种原因，年巴基斯坦独立以来，两国关系错综复杂，特别是陷入了无解的领土之争——普什图斯坦（Pashtunistan），或译为普什图尼斯坦。正如闻名于世的克什米尔问题是印巴之间的最大障碍，普什图尼斯坦则是巴阿之间发展关系的最大障碍。克什米尔是大英帝国这个搅屎棍的杰作，普什图尼斯坦也是大英帝国这个搅屎棍的杰作。
历史上，整个普什图尼斯坦地区都是属阿富汗领土一部分。但是英国觊觎阿富汗领土已久，发动两次侵阿战争，在第二次英阿战争之后，为了驯服不好对付的普什图部族，英国使出传统“技能”——迫使对方签订不平等条约，连蒙带骗地划定所谓新边界，因为当时参加谈判的是英印政府外务大臣莫提米尔·杜兰，所以这条新边界叫做“杜兰线”。
巴基斯坦和阿富汗的领土争议杜兰线是沿开伯尔山口—托巴—卡卡尔山脉划定，它将世居此处高山峻岭两侧的普什图人，硬生生地一分为二。其中很大一部分普什图部族的领地被划归英属印度的西北省(即今属巴基斯坦)
然而，阿富汗政府发现上当之后，从未正式承认杜兰线，在阿富汗眼里，“杜兰线”如同中国眼里的“麦克马洪线”，是非法的无效的。即便是塔利班政权也坚持这一立场。杜兰线产生不久，当地红衫党领袖加法尔·汗兄弟领导了“普什图尼斯坦”运动，得到阿富汗政府大力支持。
年，阿富汗政府致函英属印度当局，对杜兰线外的普什图人命运表示严重关切，但英国人不予理会。随着英国在南亚的殖民统治摇摇欲坠，普什图斯坦提出独立的要求，得到阿富汗的支持。但是英国一定要让这个地方划入巴基斯坦。阿富汗政府说，以前被你大英帝国非法骗走，现在既然你自己都不要了，为啥不还给我呢？但是英国拒绝了归还阿富汗或让其独立的要求。
杜兰线年6月，印巴分治方案提前在西北省实施，在当地的公民投票中，并入即将诞生的巴基斯坦。
阿富汗政府自然不予承认。年7月，阿大国民议会宣布废除年杜兰协定和、、年签订的几个英阿条约及其他任何涉及普什图人地位的条约。巴基斯坦独立之后，阿英矛盾转变为阿巴矛盾。
年9月，在阿富汗支持下，巴境内的普什图人宣布建立独立国家—普什图尼斯坦。阿巴关系迅速恶化。阿富汗是内陆国，巴基斯坦干扰阿富汗商品过境，随着事态升级，又对阿富汗实施禁运。两国的普什图人均对巴基斯坦进行骚扰。双方各自召回大使。
在这种背景下，阿富汗倒向苏联，巴基斯坦为了抗衡阿富汗，主动倒向美国，同时又重新派驻驻阿大使。
普什图人但是巴基斯坦又采取了措施，年修改行政区划，把西巴的省份合并为一省——当时巴基斯坦分为东巴和西巴，后来东巴独立为孟加拉国。
阿富汗做出激烈反应，3月30日，阿富汗首都群众举行游行示威，并闯入巴大使馆，将巴基斯坦国旗扯下。4月1日，巴方报复性袭击了阿驻白沙瓦领事馆，将阿国旗扯下烧毁。双方遂断绝外交关系，巴基斯坦再度对阿富汗实行经济封锁。两年后，经土耳其、两伊出面，双方才恢复外交关系。
这次冲突，进一步加深了苏联和阿富汗的关系，苏联成为阿富汗最大的援助国。苏联还公开支持阿富汗在领土争议上的立场。为了抗衡苏联影响，年巴基斯坦、伊朗加入美国主导的巴格达条约组织，围堵苏联南下印度洋。巴阿争议，背后是美苏争霸的刀光剑影。
达乌德同时，美国为了拉拢阿富汗，阻止阿富汗过度亲苏，出面积极调停巴阿关系。在此背景下，巴阿签订了航空协定及贸易和过境协定，规定了某些有利于阿方进出口货物过境的办法，阿巴两国经贸关系渐趋正常。
在阿富汗达乌德第一次执政时期的—年，达乌德具有强烈的“普什图尼斯坦”情节，对普什图尼斯坦问题采取强硬立场。敏感的领土争议自然让巴阿两国关系雪上加霜。到了年，两国闹得不可开交，在此断绝关系。巴基斯坦封锁了阿富汗边境长达2年之久。
巴阿冲突让阿富汗国内经济陷入困境，被迫进一步倒向社会主义苏联，引起信仰伊斯兰教的国王和国内民众的极大不满。年达乌德被迫下台。
阿明达乌德下台后，在伊朗斡旋之下，巴阿两国经过谈判又恢复了外交关系，结束了舆论战和边界冲突。两国关系进入了长达10年的平稳期。在印巴冲突期间，阿富汗保持中立，使巴基斯坦没有腹背受敌。
巴基斯坦由此认识到巴阿关系的重要性，于是投桃报李，年修改宪法，解散了单一的西巴省，重新赋予各省自治地位，并在普什图部落区建立高度自治的“联邦管理部落区”，还保证其独立性不受政府的任何干扰。这样普什图人从追求独立转而追求实质性自治。
苏联自然不甘就此认怂，在其暗中支持下，年7月，达乌德通过政变再度掌权，推翻了查希尔王朝，成立阿富汗共和国。
达乌德在外交上全面倒向苏联，把在普什图尼斯坦问题上立场强硬，公开鼓励巴基斯坦境内的普什图人实行民族自决，称巴基斯坦是唯一存在分歧的国家。
两国由外交战、舆论战进一步升级为武装冲突。特别是年的规模最大。
但是两国的激烈冲突，并不符合两国利益，两国几乎是两败俱伤。阿富汗经济严重受损，而巴基斯坦的主敌则是印度。所以在达乌德执政后期，努力改善与巴基斯坦、伊朗以及西方之间的关系。年巴阿实现首脑互访。巴也做了让步，首次承认阿富汗有权
