藿香正气水在医治皮肤病方面效果也很明显：
1，藿香正气水治湿疹
每日用温水清洁患处后，直接用藿香正气水外涂患处，天天3~5次，连用3~5天。
2、藿香正气水治蚊虫吸食
夏天若被蚊虫吸食，可用藿香正气水外涂患处，半小时左右可减轻或消除瘙痒感。
3、藿香正气水治外阴瘙痒
外阴瘙痒者，可将藿香正气水用凉开水稀释50倍后清洁外阴（男女皆可用），洗后不但瘙痒等表现减轻或不见，并且部分有清新感。
4、藿香正气水治缓慢荨麻疹
口服藿香正气水10毫升，每日3次，连服2周为1阶段。若伴有喉头水肿、休克、发热者，近2周来曾用过皮质激素医治者以及阴虚火旺者不宜选用此办法。
5、藿香正气水治白斑病
藿香正气水有芳香通窍，促进气行的效果。气为血帅，气行则血行，血行则瘀散。用法：每日用净布蘸藿香正气水涂擦患部，微微用力，重复蘸擦至皮肤微红为度，1日2次。
6、藿香正气水治足癣
将患足用温水洗净擦干，将藿香正气水涂于足趾间及其他患处，早晚各涂1次，医治期间最佳穿透气性好的棉袜、布鞋，坚持足部枯燥，5天为1个阶段，通常1~2个阶段即可见效。
7、藿香正气水治小孩痱子
取藿香正气水1支按份额加凉开水或生理盐水稀释，稀释浓度为：不满3个月者，药液与水份额为1：3；4个月~12个月者，药液与水份额为1：2；超过1岁者，药液与水份额1：1。用药之前先用温水将部分洗净擦干，然后用消毒药棉蘸稀释后的药液涂擦患处，每日2~3次。
8、藿香正气水治疖
中医通常分为暑疖和多发性疖病，认为是内郁湿热、血热或外受风热暑邪而成，现代医学认为是葡萄球菌传染所致。而藿香正气水方中的紫苏等成分有按捺葡萄球菌的效果，方中藿香芳香化湿；白芷宣布、祛风、胜湿，故能散郁除湿医治疖及疖病。用法是用棉签蘸藿香正气水一日屡次涂擦患部。
